一、抗病毒药物
疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起的，目前对于肠道病毒感染暂无特效抗病毒药物，若考虑是柯萨奇病毒A组感染等，在病程早期可使用干扰素α等，但需由医生评估后使用。
二、对症治疗药物
退热药物：当宝宝体温超过38.5℃，且出现明显不适时，可使用对乙酰氨基酚或布洛芬进行退热。对乙酰氨基酚适用于3个月及以上的宝宝，布洛芬适用于6个月及以上的宝宝，使用时需按照宝宝体重等情况，在医生指导下选择合适剂型。
缓解咽痛药物：若宝宝因咽痛影响进食、哭闹等，可使用生理盐水漱口，保持口腔清洁，一定程度上缓解不适；对于较大儿童也可含服西地碘含片等，但低龄儿童需谨慎使用，避免发生误吸等危险。
特殊人群注意事项
小婴儿：小婴儿患疱疹性咽峡炎时病情变化相对较快，家长需密切观察宝宝精神状态、体温、进食等情况。因为小婴儿不会准确表达自身不适，若出现精神萎靡、持续高热不退、拒食等情况，要及时就医，避免延误病情。
有基础疾病的宝宝：如果宝宝本身有先天性心脏病、哮喘等基础疾病，患疱疹性咽峡炎时更要加强护理和病情监测。基础疾病可能会因疱疹性咽峡炎导致的发热、咽痛等情况而加重，所以这类宝宝患病后应更积极就医，医生会综合评估病情，在治疗疱疹性咽峡炎的同时，也要关注基础疾病的控制。