对中枢神经系统的抑制加重
帮助睡眠的药物多为中枢神经系统抑制剂，如苯二氮䓬类等。吃多了会过度抑制中枢神经系统，导致嗜睡程度加重，严重时可能出现意识模糊、昏迷等情况。研究表明，过量服用这类药物会使大脑皮层的抑制过程过度扩散，影响正常的神经传导功能，从而出现上述中枢神经系统受抑制加深的表现。对于儿童来说，由于其神经系统发育尚不完善，中枢神经系统对药物的耐受能力更低，过量服用帮助睡眠药物可能对其神经系统发育造成更严重的不良影响；老年人本身神经系统功能有所减退，过量服用后发生意识障碍等情况的风险更高。
呼吸抑制风险增加
很多帮助睡眠药物会对呼吸中枢产生抑制作用，吃多了会使呼吸频率减慢、呼吸深度减弱，严重时可导致呼吸暂停。这是因为药物抑制了呼吸中枢的神经冲动传导，影响了正常的气体交换。有慢性呼吸道疾病的患者，如慢性阻塞性肺疾病患者，本身呼吸功能就相对较弱，过量服用帮助睡眠药物后呼吸抑制的风险会大幅升高，可能会进一步加重呼吸衰竭等严重并发症；孕妇过量服用的话，还可能影响胎儿的氧气供应，因为药物可通过胎盘影响胎儿的呼吸中枢功能。
心血管系统影响
部分帮助睡眠药物会对心血管系统产生影响，吃多了可能导致血压下降、心率失常等。例如某些苯二氮䓬类药物可能会使血管扩张，导致血压降低，还可能干扰心脏的电生理活动，引起心率失常。对于本身有心血管疾病的患者，如高血压、冠心病患者，过量服用帮助睡眠药物后，血压波动可能会加重病情，诱发心绞痛、心肌梗死等心血管事件；老年心血管疾病患者由于心血管调节功能减退，受药物影响出现心血管不良事件的风险也会增加。
肝肾功能损害风险上升
药物需要经过肝脏代谢和肾脏排泄，吃多了会加重肝肾功能的负担，可能导致肝肾功能损害。肝脏会对药物进行代谢转化，过量药物会超出肝脏的代谢能力，引起肝细胞损伤等；肾脏则会过滤排泄药物及其代谢产物，过量药物可能导致肾小管损伤、肾小球滤过功能下降等。有基础肝肾功能不全的患者，本身肝肾功能储备就不足，过量服用帮助睡眠药物后肝肾功能损害的程度可能更严重，甚至可能导致肝肾功能衰竭；儿童的肝肾功能还在不断发育中，过量用药对其肝肾功能的潜在损害更为值得关注。