一、来源与基原差异
银柴胡为石竹科植物银柴胡的干燥根，主产于宁夏、甘肃、青海、新疆等地；柴胡为伞形科植物柴胡或狭叶柴胡的干燥根，常见品种有北柴胡、南柴胡等，主产于河北、河南、辽宁等地，二者来源不同，此为功效差异的物质基础前提。
二、功效具体区别
（一）银柴胡的功效体现
银柴胡主要发挥清虚热、除疳热之功。从现代药理研究角度，其对阴虚发热所致的潮热、骨蒸劳热等有一定作用，实验表明其在调节机体异常发热的生理机制方面有特定表现；在小儿疳热方面，可改善小儿因疳积引起的低热、消瘦等症状，相关研究显示其通过调节小儿机体的代谢等功能来缓解疳热相关表现。
（二）柴胡的功效体现
柴胡的功效为和解表里、疏肝升阳。在和解表里方面，常用于感冒发热、寒热往来等病症，能通过调节机体的免疫及神经-内分泌系统等，起到调和表里邪气的作用；在疏肝升阳上，可用于胸胁胀痛、月经不调、子宫脱垂、脱肛等，比如对于肝郁气滞引起的胸胁胀痛，柴胡能通过疏肝理气来缓解，其对机体的气血运行及脏腑功能的调节可实现升阳等作用，现代药理学研究发现柴胡在抗炎、调节免疫功能等多方面有活性成分参与发挥作用。
三、适用人群及注意事项
（一）一般适用情况差异
银柴胡多用于有阴虚发热、小儿疳热表现的人群；柴胡则适用于感冒发热、寒热往来、肝郁气滞相关胸胁胀痛等情况的人群。
（二）特殊人群考虑
孕妇等特殊人群使用时需格外谨慎，因银柴胡与柴胡的功效不同，孕妇若有相关病症需使用，必须经专业中医师辨证，根据孕妇具体的体质、病情等综合判断是否适用，避免自行盲目用药，以防对孕妇及胎儿产生不良影响，遵循中医用药中对特殊人群“辨证施药”的严谨原则，充分考虑孕妇的生理特殊性及用药安全风险。