尽管近年来医学专家们对于肠绞痛有较多的研究，但是目前还是原因尚未明确，即使是各种或许存在的原因也是复杂的，相互交错作用着，不是单一的原因。如果一定要解释，导致肠绞痛的可能原因大致可以分为生理和心理两个方面。
可能存在的生理原因：比如哺乳过度或者不足，营养过剩或不足，奶水的过热或过凉，奶水流速过快或过慢，食物过敏等等。可能的心理原因，其中一种称为“适应行为论”，有的心理学家认为，宝宝的神经系统尚未发育成熟，需要不断的接受和处理新信息，难免会出现负荷过重的情况，当一天即将结束，神经系统终于支撑不住，借由一顿哭闹来发泄一天的压力，等到哭闹结束，神经系统又可以重新整顿，准备迎接下一个24小时。还有另外一种“母亲与婴儿情绪交融学说”，宝宝从母亲舒适的子宫里出来，需要做出巨大的改变，来适应周围的一切，也许在白天的大部分时间里，宝宝都在努力的适应新的环境，新的生活规律，但是到了傍晚，宝宝的身体已经最为疲倦，情绪最为低落，对于母亲的依恋程度也逐渐的增加，开始变得无法忍受导致哭闹。甚至其他家庭成员的轮番照顾，也会让疲倦的宝宝感到烦躁不安。
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