月经紊乱
紧急避孕药主要成分是高效孕激素，会影响女性体内正常的激素水平，进而干扰月经周期。可能出现月经提前、推迟，经量也可能发生变化，如经量增多或减少。有研究显示，经常服用紧急避孕药的女性，约[X]%会出现不同程度的月经紊乱情况，这是因为药物打乱了下丘脑-垂体-卵巢轴的正常调节机制，对于处于生育期不同年龄段的女性，都可能受到影响，年轻女性由于自身内分泌调节系统尚在发育或相对敏感阶段，可能受影响更明显。
恶心呕吐
紧急避孕药服用后，部分人会出现恶心、呕吐等胃肠道反应。这是因为药物对胃肠道有一定刺激作用，一般在服药后的短时间内发生。无论年龄大小，都可能出现这种情况，不过不同个体反应程度不同，年轻女性可能因生活方式等因素，若空腹服药可能加重恶心呕吐症状，而有一定饮食规律的女性相对可能反应轻些，但总体来说，经常服用的话这种胃肠道不适会反复出现。
避孕失败风险增加
经常吃紧急避孕药会使避孕失败的风险升高。因为紧急避孕药的避孕有效率并不是100%，而且频繁服用会影响药物在体内的作用效果，导致避孕失败率较偶尔服用时明显上升。对于有性生活的不同年龄女性，都存在这样的风险，一旦避孕失败发生意外妊娠，对女性身体造成的伤害更大，尤其是多次妊娠流产等会增加感染、宫腔粘连等妇科疾病的发生几率。
对肝肾功能的潜在影响
长期经常服用紧急避孕药，药物需要经过肝脏代谢、肾脏排泄，可能会加重肝肾功能的负担。虽然一般短期少量服用影响不大，但经常服用时，对于本身肝肾功能有一定基础状况的人群，比如有基础肝病或肾功能不全的女性，会进一步损害肝肾功能。不同年龄的女性，如果本身有相关病史，经常吃紧急避孕药会使肝肾功能损伤的风险大幅增加，需要格外谨慎。
特殊人群需特别注意
青春期女性：青春期女性的生殖内分泌系统还未完全成熟稳定，经常吃紧急避孕药更容易导致月经紊乱等问题，严重的月经紊乱可能影响未来的生育功能，而且其对药物的代谢等生理功能相对不成熟，药物在体内的蓄积风险更高，所以青春期女性应尽量避免经常服用紧急避孕药，可选择更安全有效的避孕方式，如避孕套等。
有心血管疾病风险的女性：紧急避孕药中的孕激素可能会对血脂代谢等产生影响，对于本身有心血管疾病家族史或存在血脂异常等心血管疾病风险因素的女性，经常服用可能会进一步升高血脂，增加心血管疾病的发生风险，不同年龄有此类风险因素的女性都需要注意，应避免依赖紧急避孕药避孕，而选择其他合适避孕方法。
肝肾功能不佳的女性：本身肝肾功能不好的女性，经常吃紧急避孕药会加重肝肾负担，导致肝肾功能进一步恶化，这类女性必须严格避免经常服用紧急避孕药，在选择避孕方式时要充分考虑自身肝肾功能状况，咨询医生后选择对肝肾影响小的避孕措施。