生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV）引起的性传播疾病，目前并没有绝对意义上的“特效药”，但有一些药物可以用于控制症状、缩短病程等，常见的药物有以下几类：
抗病毒药物
核苷类抗病毒药物：
-阿昔洛韦：是最早用于治疗生殖器疱疹的核苷类药物，可抑制单纯疱疹病毒DNA合成，发挥抗病毒作用。有口服制剂和外用制剂，口服阿昔洛韦能缩短病程、加速愈合和减轻症状，外用阿昔洛韦软膏可用于局部疱疹的治疗。大量临床研究证实其有效性，例如多项临床观察显示，口服阿昔洛韦能使生殖器疱疹患者的水疱干涸、结痂时间缩短，疼痛等症状减轻。
-伐昔洛韦：是阿昔洛韦的前体药物，口服后在体内迅速转化为阿昔洛韦，生物利用度比阿昔洛韦高，可有效抑制单纯疱疹病毒复制。相比阿昔洛韦，伐昔洛韦服用次数更少，患者依从性更好。研究表明，伐昔洛韦治疗生殖器疱疹在缓解症状、促进愈合方面与阿昔洛韦效果相当，但用药更方便。
-泛昔洛韦：同样是核苷类抗病毒药物，口服后在体内转化为有活性的喷昔洛韦三磷酸盐，抑制单纯疱疹病毒DNA聚合酶，从而发挥抗病毒作用。它的疗效也得到了临床验证，能减轻生殖器疱疹患者的症状和缩短病程。
非核苷类抗病毒药物：
-膦甲酸钠：对于耐阿昔洛韦的单纯疱疹病毒株仍有一定抗病毒活性，通过非竞争性抑制病毒DNA多聚酶的焦磷酸盐结合位点，阻止焦磷酸从三磷酸核苷上解离，抑制病毒DNA合成。主要用于阿昔洛韦耐药的严重生殖器疱疹感染患者。
特殊人群方面，孕妇患生殖器疱疹时需要谨慎用药，因为一些抗病毒药物可能对胎儿有影响，需要在医生评估利弊后选择合适的药物及用药方案；对于儿童患者，由于其生理特点与成人不同，使用抗病毒药物更需谨慎，一般优先考虑安全性和有效性经过验证的药物，且需严格遵医嘱，根据体重等因素调整剂量等；老年人如果有基础疾病，使用药物时要考虑药物之间的相互作用以及对肝肾功能的影响等，因为老年人肝肾功能可能有所减退，需要密切监测。