杀幽门螺杆菌的最好最有效的方法是采用四联疗法。
目前推荐铋剂四联作为主要的经验性根除幽门螺杆菌的方案。包括铋剂、质子泵抑制剂、两种抗生素，经典铋剂四联方案如：由质子泵抑制剂、铋剂、阿莫西林以及克拉霉素组成。
对于第一次根除治疗失败的患者，医生可在半年后在剩余的治疗方案中选择另一种进行补救治疗，对多种抗生素耐药者治疗前可以做药敏试验来选择敏感的抗生素，对于反复治疗失败的患者需要继续治疗时，医生会对患者进行个体化整体评估。
一般通过医生指导下规范的根除幽门螺旋杆菌的药物治疗，幽门螺杆菌感染可以治愈，但如果不注意饮食卫生和生活习惯，仍可以再次感染。
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